본 발명의 일 측면은, (a) 분자를 복수의 원자를 포함하는 복수의 구획으로 분할하고, 상기 복수의 구획 중 2 이상을 임의로 혼합하여 표본을 얻는 단계; (b) 상기 표본에 대한 양자역학 또는 전산재료 계산으로 입력값을 얻는 단계; (c) 상기 입력값 중 일부를 이용하여 인공신경망을 학습시키는 단계; 및 (d) 상기 인공신경망을 이용하여 상기 분자 중 상기 표본을 제외한 부분의 구조를 예측하는 단계;를 포함하고, 상기 (a) 단계에서 상호 인접한 각각의 구획 중 일부가 중첩되도록 분할하는 것을 특징으로 하는 분자구조의 모사방법을 제공한다.