본 개시의 일 실시예에 따르면, 분자 생성 모델을 위한 학습 방법은 소스 분자 모델, 소스 분자 모델과의 구조적 유사도가 제1 임계치 초과인 타겟 분자 모델, 소스 분자 모델 또는 타겟 분자 모델 중 하나 이상의 모델과의 구조적 유사도가 제1 임계치 이하인 네거티브 분자 모델을 포함하는 학습 데이터셋을 획득하는 단계, 학습 데이터셋 및 제1 손실 함수를 기초로, 소스 분자 모델과 타겟 분자 모델 사이의 거리를 조정하도록 분자 생성 모델을 학습시키는 단계 및 학습 데이터셋 및 제1 손실 함수와 상이한 제2 손실 함수를 기초로, 소스 분자 모델과 네거티브 분자 모델 사이의 거리 및 타겟 분자 모델과 네거티브 분자 모델 사이의 거리 중 적어도 하나의 거리를 조정하도록 분자 생성 모델을 학습시키는 단계를 포함할 수 있다.