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제목
소나무 및 곰솔의 re-sequencing 분석
작성자
김건실
작성일
2021.10.18
최종수정일
2021.10.18
조회수
225
분류
교외
부처명
농림축산부
공고기관
국립산림과학원
링크URL
게시글 내용

1. 분석명 : 소나무 및 곰솔의 re-sequencing 분석


2. 분석납품기간 : 계약일로부터 60일 이내


3. 분석비용 : 200,046,000원(부가세포함)


4. 분석범위


◦분석재료

- 공시재료 : 소나무 및 곰솔(총 60개체목)


◦주요 분석내용

- 시료 전처리 및 제공받은 DNA 시료의 정량 및 정성분석을 실시하여 시료의 실험 적절성을 판단

- 정량 및 정성분석을 통과한 시료를 대상으로 Illumina 등 NGS 장비를 이용하여 염기서열 생산하고 read 품질 확인


*Read 염기서열(short-read, pair-end), 개체목당 250Gb 생산

- 수종별 개체목의 생산된 염기서열과 기존의 GBS 데이터(국립산림과학원 제공)를 이용하여 소나무 reference 유전체에 mapping하고 수종별 단일염기다형성(SNP) 분석

- mapping된 read의 수종별 재현성이 높은 SNP 선발


*Depth가 높은 SNP를 homo/hetero로 구분하여 선발

- SNP 주변염기서열의 확인 및 검증


5. 주요 산출물


- 소나무와 곰솔의 read 염기서열 정보(개체목당 250Gb)

- 소나무와 곰솔의 고품질 SNP 및 주변염기서열 정보(SNP를 포함한 약 70bp)


6. 보증기간 및 불량 분석 보상


◦ 품질보증기간 : 1년


담당

임목자원연구과

연구사 천경성

TEL: 031-290-1128

FAX: 031-290-1009

첨부
제안요청서(소나무 및 곰솔 re-sequencing 분석)(최종).hwp 20211010077-00_1634106421737_공고서_222160911(소나무 및 곰솔 re-sequencing 분석).hwp