기계 학습 기반 랭킹 모델을 활용한 개체간 관계 예측 방법이 개시된다. 개시된 방법은, 데이터베이스로부터 데이터를 수집하는 단계; 상기 수집된 데이터로부터 바이오 개체를 추출하는 단계; 상기 추출된 바이오 개체들간의 유사도를 Word2vec, node2vec, UMLS룰 포함하는 복수의 유사도 산출 방법을 통해 측정하는 단계; 상기 측정된 유사도 값을 Learning to Rank 모델에 입력하여 개체간 관계를 추론하고 예측하는 단계를 포함한다. 개시된 방법에 의하면, 보다 정확하게 개체간 관계성을 추론하고 예측할 수 있는 장점이 있다.