본 발명의 바람직한 실시예에 따른 FCS 데이터의 초입방체 형상 테이블을 기초로 초입방체 픽셀의 그라디언트 분석을 통해 자동으로 군집을 분석하는 장치 및 방법은, FCS(flow cytometry standard) 데이터를 기반으로 초입방체(hypercube) 형상 테이블을 획득하고, 초입방체 형상 테이블의 성분별 그라디언트(gradient)를 분석을 통해 자동으로 군집을 분석하여 FCS 데이터에 대응되는 군집을 획득함으로써, 종래의 FCS 데이터 분석 방식인 수동 방식이나 SOM보다 훨씬 정교하고 데이터 유실없이 군집화를 수행할 수 있고, FCS 데이터로부터 자동으로 군집을 분석하여 특정 질병의 특성을 찾아낼 수 있다.