본 발명은 약물 전달용 나노입자의 제조방법 및 이에 따라 제조된 약물 전달용 나노입자, 상기 약물 전달용 나노입자가 봉입된 리포좀의 제조방법 및 이에 따라 제조된 리포좀, 상기 리포좀을 포함하는 다층 구조의 나노입자의 제조방법, 및 이에 따라 제조된 다층 구조의 나노입자에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 제조 공정에서 유기용매를 사용하지 않기 때문에, 잔류 물질로 인한 독성 문제가 일어나지 않고, 약물의 변성이 일어나지 않아 안정성이 높으며, 약물의 생체 조직에의 분산력이 우수한 약물 전달용 나노입자를 제조할 수 있다.