본 발명의 다른 실시예에 따른 구조조명 현미경 시스템의 제어방법은 (A) 제어부가 DMD 패턴을 생성하는 단계; (B) 상기 제어부는 상기 DMD 패턴에 의해 발생하는 회절광에 대한 회절 연산을 수행하는 단계; (C) 상기 제어부는 원하는 구조 조명 주기를 만들어 내는 DMD 패턴을 찾기 위해 상기 회절 연산의 결과가 3가지 조건을 만족하는지를 판단하는 단계; (D) 상기 제어부는 상기 3가지 조건을 만족하는 상기 회절 연산의 결과를 대응하는 DMD 패턴과 함께 LUT(Look Up Table)로 저장하는 단계; 및 (E) 상기 제어부는 상기 저장된 LUT에 대해 원하는 주기의 구조조명 패턴을 추출하는 단계;를 포함한다.